Finalement, en 1793, Qom passa sous le contrôle de Agha Mohammad Qajar. Après avoir été victorieux sur ses ennemis, le Shah Qajar Fath Ali Shah fit réparer le sépulcre et le mausolée de Hazrat Ma'sumeh, tel qu'il en avait fait le vœu.
La ville de Qom connut de nouveau la prospérité à l'époque Qajar. Après que les forces russes entrent dans Karaj en 1915, de nombreux habitants de Téhéran vinrent se réfugier à Qom à cause de la proximité des troupes russes, et le transfert de la capitale à Qom fut même envisagé. Mais les Britanniques et les Russes influèrent sur ce projet en mettant la pression sur Ahmad Shah Qajar. À cette période, un "Comité de défense nationale" fut mis en place à Téhéran, et Qom se transforma en foyer de la contestation contre les puissances coloniales britanniques et russes.
Pendant son règne, le shah a voulu faire de Qom une ville industrielle en exploitant les nappes de pétrole de cette région. Après la révolution de 1979, les recherches ont été abandonnées.
De nombreuses années plus tard, Qom devint le centre à partir duquel l'Ayatollah Khomeini basa son opposition aux Pahlavi pendant qu'il était en Iran. Pendant de nombreuses années, Qom fut la résidence de Khomeini qui mena les évènements de la révolution islamique, qui en changea pour Téhéran après la révolution.