Al-Ma'mûn commençait à devenir de plus en plus en colère contre Ali, car ce dernier n'a Jamais cessé de le mettre en garde, de lui dire qu'il devait se repentir, de craindre Dieu, de lui faire prendre conscience de ses crimes, lui et ses prédécesseurs (Abassides)- De plus, il lui recommanda souvent de ne plus écouter les mauvais conseils des frères sahl.
Ma'mûn, poussé par les frères Sahl, décida de mettre à mort le huitième imam. En l'invitant chez lui, le calife l'empoisonnera. Après avoir gardé sa mort secrète pendant un Jour et une nuit, Ma'mûn fit chercher l'oncle de l'Imam, Muhamed fils de Ja'far Al-SaJiq (paix sur lui) et un groupe de la famille d'Abu Tâlib. Après que son noble corps eut été lavé et parfumé, on transporta la sainte dépouille vers sa tombe. Ses funérailles furent conduites par son fils, l'Imam Muhammad al-Taqi al-Jawâd (paix sur lui) et il fut inhumé à Meshad (Iran) où se trouve son mausolée aujourd'hui.
Ses connaissances, sa gentillesse, sa générosité, ses dispositions à la bonté et sa piété sont universellement connues et n'ont pas besoin d'être relatées ici.
On raconte que l'imam aurait veillé toute la nuit en priant et qu'il aurait terminé la lecture de tout le Coran en trois jours. Il aurait prié pendant des heures d'affilée et accompli mille rak'ah en une journée et une nuit.. Il se serait prosterné pendant plusieurs heures. Il avait l'habitude de jeûner souvent. Il n'aurait jamais interrompu quelqu'un pendant qu'il parlait, ni abusé de quiconque. Il ne se serait jamais étendu en présence de quelqu'un, ni n'aurait jamais ri aux éclats, ni craché devant quelqu'un. Il s'asseyait avec tous ses proches, femmes et serviteurs et partageait ses repas avec eux